Το ευρωπαϊκό δίκτυο προστατευόμενων περιοχών NATURA 2000 αποτελεί βασικό νομικό και θεσμικό πλαίσιο της Ευρωπαϊκής Ένωσης για την προστασία της βιοποικιλότητας και βασίζεται σε δύο οδηγίες, την Ευρωπαϊκή Οδηγία για τη διατήρηση των φυσικών οικοτόπων και της άγριας χλωρίδας και πανίδας (92/43/ΕΟΚ ή Οδηγία των Οικοτόπων) και την Οδηγία για τη διατήρηση των άγριων πουλιών (79/409/ΕΟΚ ή Οδηγία για τα Πουλιά). Η Οδηγία των Οικοτόπων, έχοντας ως απώτερο σκοπό να αντιμετωπίσει τους κινδύνους που αντιμετωπίζουν οι οικότοποι καθώς και τα σημαντικά είδη της άγριας χλωρίδας και πανίδας της Ευρώπης, θεσμοθέτησε ένα συνεκτικό οικολογικό δίκτυο Ειδικών Ζωνών Διατήρησης (Special Areas of Conservation - SACs) με την ονομασία NATURA 2000. Το δίκτυο αυτό περιλάμβανε επίσης και τις Ζώνες Ειδικής Προστασίας (Special Protection Areas - SPAs) που θεσπίστηκαν με βάση την Οδηγία για τα Πουλιά. Επιπλέον, οι δύο οδηγίες συμβάλλουν στην επίτευξη των σκοπών διεθνών συμβάσεων όπως η Σύμβαση για τη Βιοποικιλότητα και η Σύμβαση της Βέρνης, τις οποίες η Ευρωπαϊκή Κοινότητα συνολικά ή/και το κάθε κράτος μέλος χωριστά έχουν κυρώσει. Η θέσπιση του ελληνικού Δικτύου NATURA 2000 προϋποθέτει την εναρμόνιση της εθνικής νομοθεσίας με τις αντίστοιχες κοινοτικές οδηγίες. Στην Ελλάδα, η εναρμόνιση της Οδηγίας για τα Πουλιά έγινε με την Κοινή Υπουργική Απόφαση (ΚΥΑ) 414985/29-11-85, ενώ η εναρμόνιση της Οδηγίας των Οικοτόπων έγινε με την ΚΥΑ 33318/3028/1998, η οποία και συνδέει τη θεσμοθέτηση των περιοχών του οικολογικού δικτύου NATURA 2000 με το σύστημα και τις διαδικασίες του Νόμου 1650/1986 "περί προστασίας του περιβάλλοντος".
Οι περιοχές NATURA 2000 περιλαμβάνουν τις Ειδικές Ζώνες Διατήρησης, οι οποίες προέκυψαν μέσα από μία διαδικασία εφαρμογής του νομικού πλαισίου των δύο παραπάνω Οδηγιών. Αρχικά, τα κράτη μέλη είχαν την υποχρέωση να καταγράψουν τους τύπους οικοτόπων (ενδιαιτημάτων) με την έκταση που καταλαμβάνουν σε καθεμιά από αυτές, καθώς και τα είδη χλωρίδας και πανίδας που αναφέρονταν στα Παραρτήματα Ι και ΙΙ της Οδηγίας των Οικοτόπων (εκτός των πουλιών) και τα αντίστοιχα πληθυσμιακά δεδομένα τους, και στη συνέχεια να αποστείλουν στην Ευρωπαϊκή Επιτροπή έναν κατάλογο προτεινόμενων περιοχών προς ένταξη στο Δίκτυο NATURA 2000. Στη συνέχεια, με τη συνεργασία της Ευρωπαϊκής Επιτροπής, έγινε η σύνταξη ενός Καταλόγου Τόπων Κοινοτικής Σημασίας (List of Sites of Community Importance - SCI) και ορίστηκε ο τελικός κατάλογος περιοχών του δικτύου, οι οποίες περιελάμβαναν τόσο τους Τόπους Κοινοτικής Σημασίας, όσο και τις Ζώνες Ειδικής Προστασίας για τα πουλιά και έπρεπε να χαρακτηριστούν από τα κράτη-μέλη ως Ειδικές Ζώνες Διατήρησης εντός, το πολύ, έξι ετών. Το Δίκτυο NATURA 2000 αριθμεί περίπου 27.000 περιοχές σε πανευρωπαϊκό επίπεδο, 419 περιοχές προστασίας στην Ελλάδα και 53 περιοχές στην Κρήτη.